Tsubasa Cronicle je natočeno podle mangy Tsubasa Reservoir Chronicle. Tato manga série je psaná a ilustrovaná manga skupino Clamp. A vyskytují se tam postavy z několika jiných mang: xxxHolic, Legal Drug, Angelic Layer, X, Chobits, Magic Knight Rayearth, Tokyo Babilon a nejvíce z CardCaptor Sakura.  Příběh začíná v malém odlehlém království uprostřed pouště. Žije zde mladá princezna Sakura, která je potají zamilovaná do svého přítele z dětství Syaorana. A i když o tom neví, i on je tajně zamilovaný do ní. Syaoran pracuje na vykopávkách obrovských ruin, které byli vinou času zaneseny pískem. Při jednom výzkumu kdy mu dělá společnost i Sakura objeví podivný znak znak který náhle začne zářit a „vcucne“ Sakuru. Syaoran ji zachrání, ale podivná křídla která se objevila na Sakuřiných zádech se roztříští na stovky pírek a rozletí, kdo ví kam. Kněz Yukito ho proto pošle do jiného světa za Čarodějkou dimenzí Yuuko, která plní lidem přání.

Zde se setkává se svými novými společníky. Kouzelníkem Fayem, který je na útěku za své země, a ninjou Kurogenem, kterého zase jeho princezna sama poslala pryč, neboť si příliš liboval v zabíjení a v zemi odkud přišel už nebyl nikdo silnější než on. Čarodějka Syaoranovi vysvětlí, že křídla která se roztříštila byla ve skutečnosti vzpomínky princezny a bez nich může zemřít. Ale ouha, její zpomínky, v podobě pírek, se rozletěly po jiných světech a tak Yuuko nabídne Syaoranovi pomoc. Za cenu jeho vztahu se Sakurou (Sakura si ho už nikdy nebude pamatovat), mu dá schopnost cestovat světy. Stejně tak Fay a Kurogane musí odevzdat něco co je jim nejdražsší. Pro Faye je to tetování na jeho zádech, které údajně schromažďuje magickou energii, a pro Kuroganeho je to jeho meč. Za to dostanou malého tvorečka jménem Mokona Modoki, který jim umožňuje cestovat napříč světy. A jejich cesta začíná…